Florian Schaffenrath hat an den Universitäten Heidelberg, Innsbruck und Siena Klassische Philologie studiert und das Studium mit einer Diplomarbeit zur Theologia Graecorum des Cornutus abgeschlossen.

Im Bereich der neulateinischen Literatur beschäftigt er sich vor allem mit Epik. Seine Dissertation befasst sich mit dem Epos Columbus des Jesuiten Ubertino Carrara (Rom 1715), einem Gedicht in zwölf Büchern über die erste Reise des Christoph Kolumbus in die Neue Welt. Kürzere Artikel beschäftigen sich mit Petrarcas Africa oder Sannazaros De partu Virginis. Als Mitglied der Forschergruppe "Geschichte der neulateinischen Literatur in Tirol" (2 vols., 2012) ist Florian Schaffenrath auch am Schreiben regionaler Literaturgeschichte interessiert. Zum Thema "Neulatein in Tirol" hat er zahlreiche Texte herausgegeben und Artikel verfasst.

Florian Schaffenrath ist Mitglied der International Association of Neo-Latin Studies” (IANLS) und der “Neulateinischen Gesellschaft” (DNG). Am Ludwig Boltzmann Institut für Neulateinische Studien (Innsbruck) war er zunächst Key Researcher der Programmlinie "Neulatein und Politik", ehe er mit einem Alexander von Humboldt-Stipendium an die Universität Freiburg i.Br. ging, wo er seine Habilitationsschrift über Ciceros Philippische Reden fertigstellen konnte. Seit August 2014 ist Florian Schaffenrath assoziierter Professor für Klassische Philologie an der Universität Innsbruck und folgte Stefan Tilg als Direktor des Ludwig Boltzmann Instituts für Neulateinische Studien nach.